على الرغم من التقدم المحرز على مختلف الجبهات في قطاع المياه، يواجه نظام إدارة المياه الحالي في البحرين تحديات كبيرة. من المتوقع أن يزداد هذا مع مرور الوقت في ظل ظروف العمل المعتادة. تعتبر التكاليف المرتبطة بالنظام (مالية واقتصادية وبيئية) مرتفعة ومن المتوقع أن تزداد بسبب العديد من العوامل الداخلية والخارجية مثل النمو السكاني السريع ومعدلات التحضر وأنماط الاستهلاك غير الفعالة في مختلف القطاعات المستهلكة وخسائر المياه الكبيرة نسبياً، وانخفاض كفاءة استخدام المياه وعدم كفاية إعادة تدوير المياه وإعادة استخدامها. علاوةً على ذلك، فمن المتوقع أن يؤدي تغير المناخ إلى زيادة سرعة تأثر قطاع المياه وتفاقم حالة إدارة موارد المياه والتحديات من خلال الضغط على النظام، مما سيزيد التكاليف. وتتطلب هذه الظروف إصلاح سياسة المياه الرئيسية.
حتى وقت قريب، اتبعت البحرين سياسة زيادة وإتاحة أكبر قدر ممكن من الموارد للحد من الفجوة بين مصادر المياه المتاحة وتزايد الطلب في قطاع المياه البلدي. وقد تم ذلك عن طريق توسيع محطات تحلية المياه، وهو نهج يرتبط بارتفاع التكاليف المالية والاقتصادية والبيئية وكذلك العوامل الخارجية الأخرى ذات الصلة بقطاع المياه العادمة. وفي عام 2016، أصلحت البحرين سياسة التسعير الخاصة بإمدادات المياه البلدية. وعلاوة على ذلك، فقد تم إحراز تقدم كبير في التعامل مع المياه التي لا تدر عائدات، والمعروفة بالمياه التي يتم ضخها أو إنتاجها إلا أنها تُفقد بسبب التسريبات والسرقة وغيرها من الأسباب ولا يتم إدراجها في فاتورة المستهلكين.
على الرغم من عدم استخدام مياه الصرف الصحي بالكامل حتى الآن، فهناك خطط لتوسيع إعادة استخدامها لتشمل غالبية المناطق الزراعية. ومع ذلك، مع زيادة كميات مياه الصرف الصحي المتوقعة، فمن المتوقع أن تصل إعادة استخدام مياه الصرف الصحي المعالجة في القطاع الزراعي إلى حدودها. ولذلك، فيعدّ التخطيط لإعادة استخدام الفائض المستقبلي مهماً لتعزيز كفاءة عملية إعادة الاستخدام. فعلى سبيل المثال، يمكن استخدام مياه الصرف الصحي المعالجة في القطاع الصناعي للأغراض التي لا تتطلب مياه عالية الجودة (مثل التبريد، والاستخلاص المعزز للنفط عن طريق الحقن بالبخار، وغسل الرمال، وإعداد الخرسانة). كما يمكن تخزين فائض مياه الصرف المعالجة في طبقة المياه الجوفية (من خلال معالجة تربة طبقات المياه الجوفية أو أنظمة تخزين واسترداد طبقة المياه الجوفية، أو مزيج من الاثنين معاً حسب جودة مياه الصرف الصحي المعالجة المستخدمة) لتخزين الفائض من مياه الصرف الصحي المعالجة في المياه الجوفية وكذلك تعزيز تخزين المياه الجوفية.
كانت الخصخصة جزءاً أساسياً من سياسة البحرين الاقتصادية وهي عنصر رئيسي في إصلاحاتها الاقتصادية وإعادة الهيكلة، والتي بدأت في عام 2002. وتشمل هذه الخدمات قطاعي الخدمات والإنتاج، بهدف زيادة مشاركة القطاع الخاص، مما يتيح استرداد التكلفة وخفض التكاليف وتعزيز كفاءة الخدمات والإنتاج. وفي قطاع المياه على وجه التحديد، قد تمت خصخصة إنتاج المياه المحلاة، حيث تقوم الحكومة بشراء المياه المحلاة المنتجة (والكهرباء)، في حين أن توزيع النقل وجمع الرسوم لا يزالان مسؤولية هيئة الكهرباء والماء. وفي الآونة الأخيرة، بدأ قطاع معالجة مياه الصرف الصحي في الاعتماد على شراكة بين القطاعين العام والخاص لإنشاء محطة جديدة لمعالجة مياه الصرف الصحي في المحرق. وعلى الرغم من أن للخصخصة العديد من المزايا من حيث الكفاءة، وتخفيض تكاليف الخدمات وإشراك القطاع الخاص، إلا أنها تحتاج إلى هيئة تنظيمية قوية وأفراد مدربين على حد سواء لضمان استمرارية هذه المزايا على المدى الطويل. ولذلك، فمن الضروري تحسين قدرة قطاع المياه على أداء هذا الدور والوظيفة الجديدة، أي الانتقال من مزود للخدمة إلى منظم للخدمة.
وأخيراً، يمكن تخفيف تحديات المياه في البحرين بشكل كبير إذا تم تطبيق أدوات التغيير الاجتماعي لتشجيع المجتمع المستهلك للمياه، حيث يصبح الحفاظ على المياه وترشيد استهلاكها والمشاركة معياراً اجتماعياً. وتشمل أدوات التغيير الاجتماعي التثقيف والتدريب وزيادة الوعي باعتبارها أهم الأدوات في بناء المعرفة حول المياه والتوصل إلى رؤية مشتركة. وضمن هذه العملية، سيتم استبدال نهج القيادة والتحكم تدريجياً بنهج أكثر مشاركة، والذي يتطلب مشاركة أكبر من المجتمع المدني، لا سيما المنظمات غير الحكومية المعنية بالمياه والبيئة.