يمثل تدهور جودة المياه في المغرب إحدى المشكلات الرئيسية التي تواجه قطاع المياه. وفي الواقع، لوحظت مستويات حرجة من التلوث في العديد من أقسام المجاري المائية، كما أن العديد من مجاري المياه تحتوي على تركيزات عالية من الفسفور والأمونيا والمواد العضوية وعدد كبير من القولونيات.

تعتبر الزراعة المستهلك المهيمن على المياه، بنسبة 87% من إجمالي استهلاك المياه، وبالتالي المساهم الرئيسي في العجز الحالي في الميزان المائي والذي أدى إلى استخراج المياه الجوفية وجفاف العديد من الينابيع.