يمثل تدهور جودة المياه في المغرب إحدى المشكلات الرئيسية التي تواجه قطاع المياه. وفي الواقع، لوحظت مستويات حرجة من التلوث في العديد من أقسام المجاري المائية، كما أن العديد من مجاري المياه تحتوي على تركيزات عالية من الفسفور والأمونيا والمواد العضوية وعدد كبير من القولونيات.