ان تدهور نوعية وجودة المياه فى فلسطين وتحديداً فى قطاع غزة من أهم التحديات البيئية والتى تتطلب حلول فورية لها. حيث تعانى المياه الجوفية من التلوث الناتج عن تسريب مياه الصرف نتيجة أعطال البنية التحتية وعدم وجود تنقية جيدة في محطات التنقية التي تعمل حاليا بما يفوق طاقتها الاستيعابية، اضافة الى التخلص الغير آمن للنفايات السائلة في البيئة مباشرة بدون معالجة. لقد أهمل في فلسطين الجانب الأمني والصحي لمعالجة مياه الصرف الصحي وذلك قبل الاحتلال الاسرائيلي وخلال الوضع الراهن. كما انه اُستثمر القليل فى تطوير مسألة معالجة مياه الصرف الصحى منذ اتفاقيات أوسلو عام 1995 . فى الضفة الغربية ازداد الوضع سوءاً، حيث أخذت المجتمعات الفلسطينية في المناطق الريفية والمستوطنات اليهودية تتخلص من مياه الصرف الصحى مباشرة فى البيئة المحيطة وبدون أي معالجة.